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金蝶KIS工资管理系统由于采用了多类别管理，可进行多工资库的处理，可适应各类企业、科研单位与集团公司进行工资核算、工资发放、工资费用分配、银行代发等。工资管理系统能及时反映工资动态变化，实现完备而灵活的个人所得税计算与申报功能，并提供丰富实用的各类管理报表。
本系统主要功能有：工资分类别管理、银行代发、计件工资、计时工资、个人所得税申报、工资费用自动分配、工资管理报表、工资公式、过滤方案的共享、工资基础数据引入引出和删除。
金蝶KIS工资管理系统是按工资类别进行工资的核算及发放管理的，这样处理的作用如下：
按类别进行处理，满足企业按不同标准分工处理和集权管理，资料相对独立于其他系统，依据不同权限进行不同类别操作，保证财务信息的安全性。
企业可分类分不同时期对工资进行处理（如正式职工、合同工，退休职工分不同类别处理，计算标准可不同）。
可对临时立项的工资项目进行计算。
满足企业分工的需要，可分类别进行工资数据的录入、计算、发放。
可将一个职工归入多类处理，满足企业多种工资核算（如某职工属于基本工资类，又属于销售提成类）。
支持明细部门与非明细部门人员的工资计算。
现在大部分公司一般都不再发放工资现金，而是通过银行进行工资的发放。利用此功能，只需按银行的要求输出指定格式的文件，送交银行，即可完成工资的及时发放。
通过设置产品、产品工序，录入计件工资单，将计件工资数据自动传递到工资录入数据中，实现对计件工资的管理。支持计件工资单序时簿、计件工资汇总表、计件工资明细表的查询。
通过设置工种，录入计时工资单，将计时工资数据自动传递到工资录入数据中，实现对计时工资的管理。支持计时工资单序时簿、计时工资汇总表、计时工资明细表的查询。
按照税法规定，员工的所得税均由实行公司代扣代缴，通过所得税的设置，可以轻松的完成员工个人所得税的申报、代扣代徼及汇算清缴义务。
通过与总账的联用，可以方便地进行工资费用的分配，从而及时掌握企业的各项人工费用。
工资管理系统可以提供多种报表，以满足企业管理的需要，为企业决策提供丰富的依据。
如果某企业的工资类别非常庞大，某个工资系统管理员需要管理多个类别，并且定义多个工资公式、工资过滤方案，系统实现了工资公式、过滤方案的共享功能。可以在工资系统管理的权限范围内，将公式、过滤方案通过导入的方式在多个类别中共享使用。提高了工资系统的易用性。
在工资系统中支持工资基础数据的引入和引出，可以从一个账套中引出基础数据，另一个账套中再进行引入，减少重复录入数据；除可进行工资业务数据、基础数据、工资类别的删除，可以清空相应的临时数据或测试数据。
工资系统可与总账系统配合使用，生成工资的费用分配凭证，方便企业的会计核算。工资管理系统中的部门、职员与币别信息既可独立建立、也可由总账基础资料中导入，减少相应的工作量，月末工资数据可以根据费用分配的设定，直接产生费用分配凭证传到总账系统。